C’est en 2019 que le ministère de l’Éducation du Québec reconnaît les besoins de la région en termes de places disponibles pour les élèves du secondaire. En effet, le Centre de Services scolaire des Trois-Lacs avait besoin de plus d’espace pour accueillir les élèves. Ainsi, de nouvelles écoles ont été construites dont l’école secondaire des Navigateurs.
En septembre 2023, l’école ouvre ses portes en accueillant 878 élèves à son bord. Les élèves proviennent des bassins desservis par les écoles primaires des Orioles, de Léopold Carrière, de la Riveraine et de Coteau-du-Lac (pour les élèves issus des classes PEIA et EHDAA). L’école dessert des élèves de la première à la cinquième année du secondaire, elle offre des groupes de soutien au premier cycle, elle accueille des élèves en EHDAA (classe de difficulté d’apprentissage), un programme de formation aux métiers semi-spécialisée et des groupes enrichis. Après que l’équipe école, composée de 61 enseignants et 37 non-enseignants, ait pris connaissance du milieu et des gens qui l’animent, l’école débute l’élaboration de son premier projet éducatif au printemps de 2024. Le projet éducatif est un outil stratégique permettant de définir et de faire connaître à la communauté éducative d’un établissement d’enseignement les orientations, les priorités d’action et les résultats attendus pour assurer la réussite éducative de tous les élèves. Il est élaboré en réponse aux caractéristiques et aux besoins des élèves qui fréquentent l’établissement d’enseignement ainsi qu’aux attentes formulées par le milieu au regard de l’éducation. Résultant d’un consensus, il est élaboré et mis en oeuvre en faisant appel à la collaboration des différents acteurs intéressés par l’école : les élèves, les parents, le personnel enseignant, les autres membres du personnel de l’école ainsi que des représentants de la communauté et du centre de services scolaire. Le projet éducatif s’inscrit donc dans une démarche favorisant la cohérence et la synergie entre tous les paliers du système éducatif (le Ministère, les centres de services scolaires et les établissements d’enseignement) dans le respect de l’autonomie et des particularités de chacun des paliers.
